Phân loại chủng vi khuẩn BNA5 được phân lập từ đất bị nhiễm DDT bằng phương pháp phân tích trình tự nucleotit của gien 16s-RRNA

 76 
29(1): 76-81 Tạp chí Sinh học 3-2007 
 Phân loại chủng vi khuẩn BNA5 đ−ợc phân lập từ đất 
bị nhiễm DDT bằng ph−ơng pháp phân tích trình tự nucleotit 
của gien 16s-rRNA 
Nghiêm Ngọc Minh, Cung Thị Ngọc Mai, 
Đặng Thị Cẩm Hà 
Viện Công nghệ sinh học 
Tr−ớc đây, trên thế giới cũng nh− ở Việt 
Nam, việc phân loại vi sinh vật chủ yếu vẫn dựa 
vào các đặc điểm hình thái, đặc điểm nuôi cấy, 
sinh lý, sinh hóa.... Việc phân loại này có nhiều 
−u điểm xong cũng bộc lộ những nh−ợc điểm 
nhất định. Chẳng hạn một chủng vi sinh vật nào 
đó về mặt hình thái rất gần với chi này nh−ng 
khi phân tích ở mức độ phân tử thì lại thuộc chi 
khác. Cùng với sự phát triển của sinh học phân 
tử và công nghệ gien, ph−ơng pháp phân loại 
học phân tử đM ra đời chủ yếu dựa trên các kỹ 
thuật phân tích ADN. Ph−ơng pháp th−ờng đ−ợc 
sử dụng trong nghiên cứu phân loại và đa dạng 
vi sinh vật là dùng các kỹ thuật sinh học phân tử 
nh− phân tích trình tự gien 16S rRNA, kỹ thuật 
điện di trên gel biến tính nồng độ (DGGE), điện 
di trên gel biến tính nhiệt độ (TGGE).... Những 
kỹ thuật này cũng đM đ−ợc sử dụng để phát hiện 
và định tên đến loài các đại diện thuộc chi 
Streptomyces từ môi tr−ờng nguyên thuỷ hoặc 
đM qua nuôi cấy và cho hiệu quả cao hơn nhiều 
so với các ph−ơng pháp truyền thống [7, 2]. 
Việc định tên các loài vi sinh vật dựa trên cấu 
trúc gien 16S rRNA có nhiều thuận lợi, đặc biệt 
rút ngắn đ−ợc thời gian nghiên cứu. Gần đây sử 
dụng kỹ thuật điện di trên gel biến tính nồng độ 
(DGGE) ng−ời ta đM có khả năng nghiên cứu tập 
đoàn xạ khuẩn trong các mẫu tự nhiên một cách 
dễ dàng. Điều đó giúp chúng ta hiểu sâu sắc về 
sự tồn tại của nhóm vi sinh vật này ngay cả khi 
chúng không có khả năng nuôi cấy [2, 5]. 
Tại phòng Công nghệ sinh học môi tr−ờng 
thuộc Viện Công nghệ sinh học, ph−ơng pháp 
phân loại vi sinh vật dựa trên việc so sánh trình tự 
nucleotit của gien mM hóa 16S rRNA đM đ−ợc áp 
dụng và thu đ−ợc nhiều kết quả có giá trị [1, 4, 5]. 
Để phục vụ cho việc giảm thiểu DDT gây ô nhiễm 
trong đất, tập đoàn vi sinh vật và một số chủng vi 
sinh vật tại đây đM đ−ợc nghiên cứu. Trong bài báo 
này, chúng tôi trình bày kết quả về phân loại hình 
thái và phân tử của chủng vi khuẩn BNA5 đ−ợc 
phân lập từ vùng đất bị ô nhiễm 1,1,1-trichloro-
2,2-bis (p-chlrophenyl) ethane (DDT) tại khu vực 
Bắc Trung Bộ, Việt Nam. 
I. ph−ơng pháp nghiên cứu 
1. Nguyên liệu 
Chủng vi khuẩn, có ký hiệu là BNA5, đ−ợc 
phân lập từ đất bị nhiễm DDT ở khu vực huyện 
Nghĩa Đàn, tỉnh Nghệ An theo ph−ơng pháp làm 
giàu nhiều lần trên môi tr−ờng khoáng dịch và 
đ−ợc bảo quản trong glyxêrin 75% ở -80oC. 
Hóa chất tinh khiết của các hMng Sigma, 
Invitrogien, Fermentas, Prolabo, Merk. Sử dụng 
bộ Kit TA cloning Kit của hMng InvitrogienTM. 
Các trang thiết bị hiện đại, chính xác thuộc 
Phòng Công nghệ sinh học môi tr−ờng và Phòng 
thí nghiệm trọng điểm quốc gia về Công nghệ 
gien thuộc Viện Công nghệ sinh học. 
Cặp mồi 341F (5’ - CCT ACG GGA GGC 
AGC AG - 3’) và 907R (5’ - CCG TGA ATT 
CCT TTT AGT TT - 3’) đ−ợc thiết kế dựa trên 
trình tự nucleotit của gien mM hóa 16S rRNA 
của Esherichia coli để nhân đoạn gien có kích 
th−ớc khoảng 550 bp. 
2. Ph−ơng pháp 
a. Quan sát hình thái của khuẩn lạc và hình 
thái của tế bào 
Hình thái của khuẩn lạc của chủng BNA5 
đ−ợc quan sát bằng ph−ơng pháp cấy gạt trên 
môi tr−ờng hiếu khí tổng số. Hình thái của tế 
bào của chủng BNA5 đ−ợc quan sát d−ới kính 
 77 
hiển vi điện tử quét JSML 5410, với sự hợp tác 
của Viện 69. 
b. Phân loại vi khuẩn dựa vào gien m) hóa 
16S rRNA 
Tách chiết ADN tổng số của chủng BDN5 
theo ph−ơng pháp của Sambrook và Russell 
2001 [8]. ADN đ−ợc tinh sạch và tiến hành làm 
phản ứng PCR với cặp mồi 314F và 907R. Điều 
kiện của phản ứng PCR đ−ợc tiến hành nh− sau: 
hỗn hợp PCR với tổng thể tích là 25àl gồm: 1 àl 
mồi mỗi loại (20 pmol); 0,5 àl hỗn hợp dNTPs 
(2,5 mM); 2,5 àl đệm PCR, 3 àl MgCl2 
(25mM); 0,2 àl Taq polymeraza (5 unit/àl), 1 àl 
ADN tổng số vi khuẩn. Phản ứng đ−ợc thực hiện 
trên máy PCR 9700 với các b−ớc nh− sau: b−ớc 
1: 95oC trong 5 phút; b−ớc 2: 95oC trong 1 phút; 
b−ớc 3: 55oC trong 1 phút; b−ớc 4: 72oC trong 3 
phút; b−ớc 5: lặp lại 30 chu kỳ từ b−ớc 2 đến 
b−ớc 4; b−ớc 6: 72oC trong 10 phút; b−ớc 7: 4oC 
trong nhiều giờ (để giữ mẫu). Sản phẩm của 
phản ứng PCR đ−ợc điện di kiểm tra trên gel 
agaroza nồng độ 0,8%, nhuộm gel bằng êtium 
bromit và quan sát d−ới ánh sáng đèn tử ngoại. 
Sản phẩm PCR đ−ợc gắn trực tiếp vào vectơ 
pCRR 2.1 nhờ enzim T4-DNA ligaza; sản phẩm 
lai đ−ợc biến nạp vào chủng E. coli INV F' và 
chọn lọc trên môi tr−ờng LB đặc có chứa 50 
mg/l ampixillin, 80 mg/l X-Gal, nuôi cấy ở 37oC 
qua đêm. Tách chiết và làm sạch ADN plasmit 
theo Sambrook và Russell 2001 [8]. Xác định 
trình tự nucleotit của gien trên máy đọc trình tự 
tự động ABI PRISM 3100 Avant Gienetic 
Analyzer, sử dụng bộ kít chuẩn BigDye 
Terminator V3.1 Cycle Sequencing. So sánh 
trình tự nucleotit của đoạn gien 16S rRNA của 
chủng vi khuẩn BNA5 với các trình tự nucleotit 
của đoạn gien 16S rRNA t−ơng ứng tại ngân 
hàng gien quốc tế EMBL và sử dụng phần mềm 
Clustal X để xây dựng cây phát sinh chủng loại. 
ii. Kết quả và thảo luận 
1. Phân lập các chủng vi sinh vật từ đất bị 
nhiễm DDT 
Từ nguồn đất bị nhiễm DDT ban đầu, chúng 
tôi đM tiến hành phân lập và thu nhận đ−ợc một 
tập đoàn các vi khuẩn phát triển trên môi tr−ờng 
khoáng có chứa DDT. Sau đó, các loại khuẩn lạc 
này đ−ợc làm giàu 3 lần đồng thời trong môi 
tr−ờng khoáng có bổ sung dịch chiết DDT và 
glucoza 0,1%. 
Trong 5 chủng có khả năng phát triển tốt 
trên môi tr−ờng có DDT, chủng BNA5 có khả 
năng phát triển tốt hơn cả, qua nhiều lần tuyển 
chọn. Vì vậy, chúng tôi đM chọn chủng BNA5 để 
tiến hành những nghiên cứu tiếp theo. 
2. Đặc điểm hình thái và tế bào của chủng vi 
khuẩn BNA5 
Chủng BNA5 có khuẩn lạc hình tròn, bề mặt 
lồi, trơn, màu trắng đục; đ−ờng kính của khuẩn 
lạc khoảng từ 2-5 mm (hình 1A). Chủng vi 
khuẩn BNA5 thuộc nhóm vi khuẩn gram d−ơng. 
Hình dạng tế bào của chủng BNA5 đM đ−ợc 
quan sát bằng kính hiển vi điện tử quét với độ 
phóng đại 15000 lần. Tế bào có dạng hình que 
ngắn, có kích th−ớc khoảng (1,80-1,87) ì (0,27- 
0,53) àm (hình 1B). 
A 
B 
Hình 1. Hình dạng của khuẩn lạc (A) và hình thái của tế bào của chủng BNA5 (B) 
 78 
Việc quan sát hình dạng của khuẩn lạc và 
hình thái của tế bào cho thấy, chủng vi khuẩn 
BNA5 có nhiều đặc điểm khá giống với những 
loài thuộc chi Bacillus. Để làm rõ vị trí phân 
loại của chủng này, chúng tôi đM tiến hành phân 
loại phân tử chủng vi khuẩn BNA5 dựa trên 
trình tự nucleotit của gien mM hóa 16S rRNA. 
3. Phân loại dựa trên trình tự nucleotit của 
gien mã hóa 16S rRNA 
Hiện nay, các nhà phân loại vi sinh vật học 
đM sử dụng rộng rMi kỹ thuật xác định trình tự 
nucleotit của gien mM hóa 16S rRNA để phân 
loại vi khuẩn. Kết quả nghiên cứu trên gien 16S 
rRNA đM phản ánh khá chính xác vị trí phân loại 
của các chủng vi khuẩn. Ngoài ra, các dữ liệu về 
gien tại Ngân hàng gien quốc tế cũng giúp cho 
việc nghiên cứu về chủng loại phát sinh của 
chúng một cách dễ dàng và thuận tiện hơn. Để 
tiến hành phân loại phân tử, chúng tôi đM tách 
dòng gien 16S rRNA, xác định và so sánh trình 
tự nucleotit của chủng vi khuẩn BNA5 với các 
đại diện của prokaryot khác trong Ngân hàng 
gien quốc tế. 
a. Tách chiết ADN tổng số 
Để tiến hành các nghiên cứu về phân loại 
phân tử, việc thu đ−ợc ADN tổng số không bị 
đứt gMy và đạt độ tinh sạch cao là rất quan trọng. 
Kết quả tách chiết ADN tổng số đ−ợc trình bày 
ở hình 2. 
Hình 2. Phổ điện di ADN tổng số của chủng 
BNA5 
Ghi chú: giếng 1. chỉ thị phân tử λ ADN cắt bằng 
HindIII và E.coRI; giếng 2. sản phẩm ADN tổng số 
của BNA5 
Kết quả ở hình 2 cho thấy ADN tổng số của 
chủng vi khuẩn BNA5 không bị đứt gMy, sạch để 
có thể thực hiện các nghiên cứu tiếp theo. 
b. Nhân đoạn gien 16S rRNA của chủng vi 
khuẩn BNA5 bằng kỹ thuật PCR 
Để nhân đoạn gien 16S rRNA, chúng tôi sử 
dụng ADN tổng số của chủng BNA5 làm khuôn, cặp 
mồi đặc hiệu (314F và 907R) và chu trình nhiệt nh− 
đM trình bày ở phần ph−ơng pháp. Về mặt lý thuyết 
một đoạn gien 16S rRNA (khoảng 550 bp) của 
chủng này sẽ đ−ợc nhân đoạn bằng kỹ thuật PCR. 
Sau phản ứng, sản phẩm PCR đ−ợc điện di 
kiểm tra trên gel agaroza 1%, và kết quả đ−ợc 
trình bày ở hình 3. 
Khoảng 
550 bp 
 750 bp 
500 bp 
 1 2 
Hình 3. Phổ điện di sản phẩm PCR 
Ghi chú: giếng 1. chỉ thị phân tử 1kb (Fermentas); 
giếng 2. sản phẩm PCR của chủng BNA5 
Trên điện di đồ (hình 3), chúng ta có thể 
thấy sản phẩm PCR nhận đ−ợc là một băng 
ADN duy nhất, sắc nét và có kích th−ớc khoảng 
550 bp, đúng với kích th−ớc theo nh− tính toán 
lý thuyết. Điều này chứng tỏ phản ứng PCR đM 
nhân khá đặc hiệu đoạn gien 16S rRNA có kích 
th−ớc mong muốn. 
c. Tách dòng gien 16S rRNA trong vectơ pCR 2.1 
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 
Hình 4. Điện di đồ sản phẩm DNA plasmit 
Ghi chú: hai giếng 1, 12. đối chứng (vectơ pCR 2.1); 
các giếng 2- 11: ADN plasmit của các dòng tế bào từ 
1- 10. 
 1 2 
 79 
1 2 3 
 500 bp 
Hình 5. Phổ điện di sản phẩm PCR 
Ghi chú: giếng 1. chỉ thị phân tử 100 bp (fermentas); hai 
giếng 2, 3. sản phẩm PCR ADN plasmit của chủng 
BNA5 dòng 2 và dòng 7. 
Sau khi thu đ−ợc sản phẩm PCR, chúng tôi 
đM tiến hành gắn sản phẩm vào vectơ pCR 2.1 
nhờ enzim T4 DNA ligaza và biến nạp vào tế 
bào khả biến E. coli (chủng INVαF'). Sau khi 
nuôi tĩnh trong 18 giờ ở 37oC, trên đĩa biến nạp 
xuất hiện những khuẩn lạc màu trắng xen kẽ với 
một số khuẩn lạc màu xanh. Một số khuẩn lạc 
màu trắng đM đ−ợc chọn lựa để tiến hành tách 
ADN plasmit. Sản phẩm ADN plasmit thu đ−ợc 
ở các dòng tế bào chọn lựa đ−ợc điện di kiểm tra 
trên gel agaroza 1%. Kết quả đ−ợc trình bày ở 
hình 4. Trên điện di đồ, chúng ta có thể nhận 
thấy một số mẫu ADN plasmit ở các giếng 2, 3, 
5, 6, 7, 9, cao hơn so với mẫu đối chứng là vectơ 
pCR 2.1 (hai giếng 1, 12). Các ADN plasmit 
này có kích th−ớc phân tử lớn hơn nên có khả 
năng mang sản phẩm mong muốn. Để kiểm tra 
dòng plasmit đ−ợc lựa chọn có mang sản phẩm 
mong muốn hay không, chúng tôi đM tiến hành 
cắt các dòng plasmit này bằng enzim EcoRI, sau 
khi điện di thấy một băng đậm, dầy có kích 
th−ớc lớn hơn 250 bp. Theo chúng tôi có thể 
trong trình tự có điểm cắt nằm ở gần vùng giữa 
của đoạn gien này nên khó phân tách thành 2 
băng riêng biệt trên gel agaroza 1%. Để kiểm tra 
lại hiện t−ợng này, các dòng ADN plasmit chọn 
lọc đ−ợc dùng làm khuôn và tiến hành PCR lần 
hai với các điều kiện phản ứng t−ơng tự nh− đM 
mô tả ở phần ph−ơng pháp. Sản phẩm PCR đ−ợc 
kiểm tra trên gel agaroza 1% cho thấy xuất hiện 
1 băng có kích th−ớc khoảng hơn 550 bp nh− 
đoạn gien nghiên cứu (hình 5). Phổ điện di ở 
hình 5 cho thấy sản phẩm PCR của chủng 
BNA5 dòng 7 thể hiện 1 băng sắc nét và có kích 
th−ớc phân tử hợp lý hơn dòng 2, do vậy chúng 
tôi quyết định chọn dòng 7 để tách với số l−ợng 
lớn để xác định trình tự của chủng BNA5. 
d. Xác định trình tự nucleotit đoạn gien 16S 
rRNA của chủng BNA5 
ADN plasmit mang đoạn gien có kích th−ớc 
phân tử mong muốn đM đ−ợc tách với số l−ợng 
lớn và làm sạch để xác định trình tự nucleotit. 
Trình tự nucleotit đoạn gien 16S rRNA của 
chủng BNA5 đ−ợc xác định bằng ph−ơng pháp 
của Sanger, sử dụng cặp mồi M13F và M13R để 
PCR theo hai chiều. Sau khi phân tích số liệu 
của trình tự, kết quả đ−ợc chỉ ra ở hình 6. 
TAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGCTTTCGGGTCGTA
AAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTACGAGAGTAACTGCTCGTACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCA
CGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGC
GCGCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGA
ACTTGAGTGCAGAAGAGAAAAGCGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAG
TGGCGAAGGCGGCTTTTTGGTCTGTAACTGACGCTGCGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC
CCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCTGCAGCTAACG
CATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTG 
Hình 6. Trình tự nucleotit của đoạn gien 16S rRNA của chủng BNA5 
Ghi chú: phần gạch d−ới, chữ đậm là vị trí cắt của enzim cắt hạn chế E. coRI 
Kết quả ở hình 6 cho thấy trình tự nucleotit 
của đoạn gien nhận đ−ợc có kích th−ớc 550 bp 
(hoàn toàn phù hợp với tính toán lý thuyết). 
So sánh trình tự đoạn gien 16S rRNA của 
chủng BNA5 với các trình tự nucleotit của các vi 
sinh vật nhân sơ (prokaryote) đM đ−ợc công bố 
tại Ngân hàng gien quốc tế EMBL và phân tích 
bằng phần mềm Clustal, chúng tôi đM xây dựng 
đ−ợc cây phát sinh chủng loại nh− ở hình 7. 
Trên cây phát sinh chủng loại, chúng ta có 
thể thấy chủng vi khuẩn BNA5 có quan hệ chặt 
chẽ với các chủng thuộc chi Bacillus và nó có độ 
t−ơng đồng khá cao (99,83%) với chủng Bacillus 
sp. R-16769 và với loài Bacillus megaterium do 
 80 
vậy chủng BNA5 đ−ợc xếp vào chi Bacillus và 
tạm đ−ợc đặt tên là chủng Bacillus sp. BNA5. 
Trình tự nucleotit của đoạn gien 16S rRNA của 
chủng này đM đ−ợc đăng ký tại Ngân hàng gien 
quốc tế EMBL với mM số AM398158. 
 Hichs và Corner (1972) đM chứng minh 
chủng Bacillus megaterium có khả năng phân 
hủy DDT [3], do vậy suy ra chủng Bacillus sp. 
BNA5 cũng có thể có khả năng sử dụng DDT. 
Điều này hoàn toàn có thể xảy ra bởi vì địa điểm 
phân lập đ−ợc chủng BNA5 là nơi bị ô nhiễm 
nặng DDT. Tuy nhiên, để khẳng định khả năng 
sử dụng DDT của chủng Bacillus sp. BNA5, cần 
có thêm các nghiên cứu xác định mức độ 
chuyển hóa DDT và các gien chức năng tham 
gia vào quá trình khử độc. 
B ac illus sp . XL - 2004 
 (A Y 788910) 
B ac illus sp. F a 29 
 (A Y 131222) 
B ac il lus sp . R - 16769 
 (A J748259) 
B acillu s sp . B N A5 
B acillus m egate rium 
stra in 
 (D Q 267829) 
Low G +C gram (+ ) 
 (A B 074721) 
B ac illus sp. R 43S 
 (A Y 572486) 
B ac illus m egate rium 
 S tra in 
(A Y 553114) 
B ac illus sp. LM G 
 (B S P 316310) 
B acte rium CW I015 
 (D Q 334353) 
B acillus sp . K R 076 
 (A Y 822760) 
B ac illus flexus 
 (A B 021185) 
Hình 7. Cây phát sinh chủng loại của chủng vi khuẩn Bacillus sp. BNA5 
iii. Kết luận 
1. Chủng vi khuẩn BNA5 có khuẩn lạc hình 
tròn, bề mặt lồi, trơn, màu trắng đục; đ−ờng 
kính của khuẩn lạc khoảng từ 2-5 mm. Chủng 
BNA5 thuộc nhóm vi khuẩn gram d−ơng. Quan 
sát d−ới kính hiển vi điện tử quét với độ phóng 
đại 15.000 lần, tế bào của chủng BNA5 có dạng 
hình que ngắn, có kích th−ớc khoảng (1,80-
1,87) ì (0,27-0,53) àm. 
2. Kết quả phân loại thông qua việc xác định 
trình tự nucleotit của đoạn gien mM hóa 16S 
rRNA cho thấy chủng BNA5 có mối quan hệ 
 81 
gần gũi với các loài thuộc chi Bacillus. Đặc biệt, 
trình tự nucleotit của đoạn gien mM hóa 16S 
rRNA của chủng này có độ t−ơng đồng cao với 
loài Bacillus megaterium (DQ267829) và với 
chủng Bacillus sp. R-16769 (AJ748259), tới 
99,83%. Vì vậy, chủng BNA5 tạm đ−ợc đặt tên 
là chủng Bacillus sp. BNA5. Trình tự nucleotit 
của đoạn gien mM hóa 16S rRNA của chủng này 
đM đ−ợc đăng ký tại Ngân hàng gien quốc tế 
EMBL với mM số AM398158. 
Tài liệu tham khảo 
1. Đặng Thị Cẩm Hà et al., 2003: Tạp chí 
Công nghệ sinh học, 1(3): 377-386. 
2. Heuer H. et al., 1997: Appl. Environ. 
Microbiol., 63: 3233-3241. 
3. Hicks J. R. et al., 1972: Location and
Consequences of 1,1,1-Trichloro-2,2-bis (p 
Chlorophenyl) Ethane Uptake by Bacillus 
megaterium: 381-387. 
4. Hoàng Thị Mỹ Hạnh et al., 2004: Tạp chí 
Công nghệ Sinh học, 1(2): 255-264. 
5. Nghiêm Ngọc Minh và Nguyễn Thành 
Đức, 2004: Tạp chí Công nghệ sinh học, 
2(2): 245-252. 
6. Nghiêm Ngọc Minh, 2004: Tạp chí Công 
nghệ sinh học, 2(4): 397-406. 
7. Rintala H. et al., 2001: Molecular and 
Cellular Probes, 15: 337–347. 
8. Sambrook J. and Russell D. W., 2001: 
Molecular Cloning. A Laboratory Manual. 
3rd ed. Cold Spring Harbor Laboratory 
Press, Cold Spring Harbor, NY. 
Taxonomy of the bacterial strain bna5 isolated from ddt 
contaminated soil by analysing the nucleotide sequence of 
the 16s-rRNA gene 
Nghiem Ngoc Minh, Cung Thi Ngoc Mai, 
Dang thi cam ha 
Summary 
The bacterial strain BNA5 was isolated from the DDT contaminated soil of heavy polluted sites. 
Belonging to positive gram bacteria, this strain had round and smooth colony with 2-5 mm diameter. The cell 
morphology of the strain BNA5 observed under the Scaning Electron Microscopy (SEM) showed that it was a 
short rod with 1.80-1.87 àm in length and 0.27-0.53 àm in wide. 
In this paper, the nucleotide sequence of the 16S rRNA gene had been used for taxonomy of the strain 
BNA5. Results of the amplification of the nucleotide sequence with the primers 314F/907R indicated that the 
strain BNA5 had high homology with the species of the genus Bacillus and was close to the Bacillus 
megaterium strain (DQ267829) and the strain Bacillus sp. R-16769 (AJ748259) at 99.83%. Based on the 
morphology and the 16S rRNA gene nucleotide sequence this strain was classified in the genus Bacillus and 
named Bacillus sp. BNA5. The nucleotide sequence of the 16S rRNA gene (550bp) was of the strain Bacillus 
sp. BNA5 deposited in the EMBL genbank database (with assession number AM398158) 
Ngày nhận bài: 11-9-2006